据寺志记载，西晋元康元年（291），有尼结庐山顶，名“瀑布院”，是为雪窦山梵刹开创之始。宋真宗咸平二年（999），赐寺额“雪窦资圣禅寺”。宋景祐四年（1037），仁宗因弥勒感应而梦游雪窦山，因而敕名“应梦名山”。
因地缘之故，蒋氏家族与雪窦寺也结有因缘。蒋介石祖父蒋斯千、生母王采玉虔信佛法，王氏晚年皈依雪窦寺果如法师。蒋介石回乡之际常在寺内瞻拜休憩，寺中有其亲书的“四明第一山”匾额。1932年蒋介石特邀近代佛学泰斗太虚大师住持雪窦寺，使丛林增辉。
1937年，雪窦山迎来了一位特殊的客人，他就是因发动西安事变被蒋介石囚禁来此的张学良将军。张学良在雪窦寺旁住了8个多月，与雪窦寺又新法师有交往。据说他曾在雪窦寺后院种植四棵楠树，存活至今的两棵被称为“将军楠”。
1985年，奉化县政府及宁波市佛教协会邀集省内外诸山长老，成立“修复雪窦寺筹委会”。1988年，雪窦寺正式对外开放，接待中外游客，服务四方信众。
